Chemometrie mit UV-Spektren und R
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Meine zum Spiritus+Glühdraht-Experiment gemessenen zeitaufgelösten Gasphasen-UV-Absorptionsspektren sind eine gute Gelegenheit, mich einmal tiefer in die Chemometrie einzuarbeiten. In verwende dabei vor allem die freie Statistik-Software R, die gleichzeitig eine Programmiersprache ist. Momentan läuft bei mir die schon leicht ältere R Version 3.2.3. Mehr zu R hier auf deutsch, auch wenn die Foren-Software den hinteren Teil des Links wegen der Klammer wohl nicht mag: https://de.wikipedia.org/wiki/R_(Programmiersprache)
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Import der Spektren
Erste Hürde war, die Spektren in R einzulesen.
Hätte ich nur die alle Spektren enthaltende Binär-Datei
Am Anfang stehen ein paar allgemeine Infos zu Probe und Messbedingungen (von mir rot markiert). Hinter "Scan Data" kommt dann zunächst ein Block mit den allen Spektren gemeinsamen Wellenlängen jeweils durch Komma getrennt, hier in grün. Und danach jeweils ein Block pro Spektrum: Erste Zahl ist die Zeit (seit Beginn), zu der das Spektrum gemessen wurde (fett) und dann die Extinktion bei jeder der Wellenlängen. Der erste Block ist hier blau markiert. Die Blöcke sind jeweils durch ein Return getrennt.
Hätte ich nur die alle Spektren enthaltende Binär-Datei
- DauerUV3,Inj1.AQR
- DAUERUV3,INJ1.CSV
- File: E:\TSP\FOCUS\Data\DauerUV3\DauerUV3,Inj1.AQR
Sample Description: Sample Vial
Start Time: 0.000 min
End Time: 239.969 min
Scan Interval: 0.031 min
Scan Interval: 1.875 sec
Scan Interval: 4500 ticks
NOTE: All absorbance values in mV (mAU)
Scan Data
Wavelength
Time, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365
0.000, 0.136, 0.100, 0.075, 0.064, 0.015, -0.004, 0.003, -0.164, -0.145, -0.094, -0.078, -0.109, -0.118, -0.051, -0.140, -0.088, -0.125, -0.084, -0.116, -0.086, -0.070, -0.102, -0.026, -0.084, -0.085, -0.064, -0.101, -0.066, -0.123, -0.095, -0.090, -0.154, -0.154, -0.163, -0.163, -0.180, -0.158, -0.113, -0.149, -0.161, -0.202, -0.196, -0.136, -0.130, -0.252, -0.107, -0.125, -0.089, -0.134, -0.133, -0.108, -0.149, -0.043, -0.088, -0.030, -0.109, -0.102, -0.090, -0.054, -0.044, -0.105, -0.052, -0.028, 0.019, 0.037, -0.070, -0.017, 0.030, 0.040, -0.040, -0.060, -0.074, -0.077, 0.149, 0.019, 0.116, -0.082, 0.004, 0.048, 0.047, 0.042, 0.079, -0.160, -0.014, -0.229, 0.052, -0.035, -0.015, 0.191, -0.158, -0.009, 0.079, 0.023, -0.063, 0.083, -0.006, -0.080, -0.249, -0.053, 0.039, 0.036, -0.285, -0.065, 0.133, 0.061, -0.264, -0.063, -0.158, -0.114, -0.047, -0.135, -0.085, -0.012, -0.182, 0.106, -0.046, 0.110, -0.120, 0.101, -0.089, 0.043, -0.034, -0.043, 0.165, -0.404, 0.009, -0.311, -0.014, -0.214, 0.175, -0.266, -0.064, -0.336, -0.126, -0.086, -0.152, 0.020, -0.097, -0.204, -0.230, 0.076, -0.077, -0.355, 0.020, -0.099, 0.061, -0.155, -0.196, 0.075, -0.323, 0.191, -0.068, -0.318, -0.051, -0.145, -0.317, 0.057, 0.129, -0.346, -0.042, -0.124, -0.100, -0.107, -0.391, -0.415, -0.370, 0.132, -0.183, 0.329, -0.125, 0.041, -0.168, -0.071, 0.019, -0.162, 0.155,
0.031, 0.065, 0.067, 0.043, 0.029, 0.005, -0.093, -0.033, -0.133, -0.151, -0.085, -0.119, -0.116, -0.064, -0.157, -0.066, -0.149, -0.147, -0.145, -0.071, -0.063, -0.117, -0.058, -0.092, -0.103, -0.091, -0.059, -0.144, -0.088, -0.148, -0.210, -0.192, -0.164, -0.130, -0.213, -0.179, -0.205, -0.195, -0.203, -0.212, -0.220, -0.245, -0.260, -0.223, -0.203, usw. ...
Am Anfang stehen ein paar allgemeine Infos zu Probe und Messbedingungen (von mir rot markiert). Hinter "Scan Data" kommt dann zunächst ein Block mit den allen Spektren gemeinsamen Wellenlängen jeweils durch Komma getrennt, hier in grün. Und danach jeweils ein Block pro Spektrum: Erste Zahl ist die Zeit (seit Beginn), zu der das Spektrum gemessen wurde (fett) und dann die Extinktion bei jeder der Wellenlängen. Der erste Block ist hier blau markiert. Die Blöcke sind jeweils durch ein Return getrennt.