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Bio On Magnetic Beads = BOMB
IllumiNobel-Gewinner 2012

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Bin gerade dabei meine PCR-Aufreinigung für Sequenzierungen (Best. des Genotypes bei Knock-Out Müsen) auf magnetic beads umzustellen....die Teile lassen sich auch selber machen:

https://bomb.bio/

Okay ich benutze jetzt gerade gekaufte Beads: https://www.gelifesciences.com/en/us/shop/molecular-biology/pcr-and-amplification/kits-and-ready-to-go-beads/sera-mag-select-p-10218

Aber den Separator habe ich mir nach https://bomb.bio/wp-content/uploads/2018/09/A.2_BOMB_ring_magnetic_racks_V1.0.pdf zusammen gebaut....wobei ich die Magnetringe in eine 96-well plate holder von hinten hineingeklebt habe.

Hat allerdings den Nachteil, dass sich das Pellet aus den Nanopartikeln unten absetzt und ich Probleme beim Waschen und Entfernen der Lösung habe...manuell geht es, aber mit der 8 oder 12 Kanal-Pipette wird das nichts.....da ich dann das Pellet mitnehme.

bj68
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Die Methode sieht interessant aus. Da steckt bestimmt ne Menge Knoff-Howw drin.

Nur mal zum Verständnis: Die "Beads" sehen im Mikrobild monodispers (= fast identische Durchmesser) aus. Das ist in dieser Feinheit eine Herausforderung. Die magnetischen Eigenschaften müßten der von Ferrofluid ähnlich sein (paramagnetisch, nicht permanent magnetisierbar). Die Herausforderung ist vermutlich, daß man die Perlchen kaum größer machen will, als die Magnetitkristelle. Dann kommt die Aufgabe, die Oberfläche zunächst mit irgendeiner, nicht ablösbaren, Ankerschicht zu belegen, auf der dann die "Köder" reversibel in "mittelfest" angeheftet werden. Daran sollen dann die zu "erbeutenden" Sequenzen locker andocken und gezielt wieder desorbiert werden können.

Ich könnte mir vorstellen, daß man während der Synthese des Ferrofluids nach der Zugabe der Ölsäurelösung abweichen muß, um eine Art "Micellenpolymerisation" zu erreichen. Die Ölsäure hat ja eine Doppelbindung, an die man anknüpfen kann, um mit weiteren Monomeren dann eine Außenhülle aus Carbonsäuren, Aminogruppen oder anderen funktionellen Gruppen daran zu befestigen. Im optimalen Fall schafft man es, die Kristalle einzeln mit einem dünnen Polymermantel (ca. doppelte Länge der Ölsäure breit) zu beschichten, während sie durch die Oberflächenladung der funktionellen Gruppen in einer mit dem Monomer schlecht mischbaren zweiten Phase emulgiert bleiben.

Bei den Magnetringen kommt es bestimmt extrem auf die Geometrie des Magnetfeldes an. Eventuell ist ein "Pellet" in der Spitze am Boden garnicht optimal, sondern eher ein ringförmiger Belag etwas oberhalb der Spitze an der Wand entlang. Oder sogar nur auf einer Seite, daß man die Pipette auf der anderen Seite an der Wand entlang führen kann... Alternativ bräucht man einen justierbaren Pipettenhalter, der immer gleich hoch über dem Pellet stehen bleibt und absaugt. Dann muß man etwas mehr Überstand liegen lassen, als beim manuellen absaugen, um Ungenauigkeiten beim Aufstecken der Spitzen auszugleichen.

Es scheint etwas "tricky" zu sein, nach der Anleitung die Magnete einzubauen, wenn sie nur geklemmt werden sollen. Eventuell gilt das auch für den Einbauwinkel und die ~höhe. Gibt es denn Tipps zum optimalen Pipettieren der zu entnehmenden Abfalllösungen?
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